به رغم ظرفیت و پتانسیل های ذکرشده، استان یزد با محدودیت شدید منابع آبی مواجه است که برای برون رفت از این وضعیت اولویت و تمرکز استان بر صرفه و مصرف بهینه آب به خصوص در حوزه کشاورزی و تبدیل اراضی زراعی به ایجاد گلخانه و همچنین استفاده از شیوه های نوین در آبیاری است.